L'aquaculture est une activité économique importante au Chili et les fermes d'élevage de saumon comptent pour une large proportion de cette industrie. Contrairement à celles d'autres régions qui font de l'élevage de saumon, les eaux du Chili n'hébergent pas de populations de saumon sauvages. L'industrie s'est beaucoup développée à partir du milieu des années 80, quand les familles riches et les compagnies étrangères furent remises en selle par l'arrivée de Pinochet, qui désirait sortir le Chili de la dépendance de la production de cuivre, avec le vin et le saumon. Ce développement fut aussi facilité par l'interdiction des syndicats de pêcheurs indépendants jusqu'en 1990, alors qu'en 2009 près de la moitié des "fermes à saumon" étaient entre les mains de multinationales. La mulitiplication des fermes et des usines a attiré des travailleurs vers le sud, bien que les conditions de travail soient dures et les salaires bas, ce qui explique que le saumon chilien soit meilleur marché que ses concurrents norvégien, écossais ou canadien.
Les fjords chiliens, notamment ceux de la région des lacs du nord de la Patagonie, où nous avons kayaké, sont des milieux idéaux pour ce type d'aquaculture car ils combinent grande profondeur avec proximité des côtes. Toutefois, pour devenir un important producteur, le Chili a été contraint par l'ONG Oceana de révéler que la salmoniculture avait utilisé, en 2007, 385 tonnes d'antibiotiques, soit 600 fois plus que la Norvège cette même année, pour une production équivalente. Les acheteurs commencent à être plus frileux quant à cette utilisation massive d'antibiotiques ce qui fait chute les exportations. Des problématiques environnementales sont aussi soulevées, par des pêcheurs chiliens et par des groupes environnementaux, et la salmoniculture est accusée d'avoir pollué les fjords de manière importante, non seulement à cause de l'utilisation peu régulée de produits chimiques et d'antibiotiques, mais aussi des déchets organiques rejetés par les saumons, alors que les fermes se sont multipliées et se trouvent en grande concentration dans certaines régions. On soupçonne aussi la pollution et les fugues d'être responsables de la disparition de plusieurs espèces indigènes.
Dernièrement, à Chiloé, une "marée rouge" d'algues toxiques a envahi les eaux de l'archipel Chiloe, et bien que plusieurs hypothèses soient envisagées quant aux causes de cette prolifération (el nino, cendres de l'éruption du Calbuco), les pêcheurs artisanaux eux accusent les tonnes de saumons contaminées par cette algues qui ont été déversés en mer il y a quelques mois.
Néanmoins, l'industrie salmoniculture a remonté la pente et le niveau de production dépasse maintenant les chiffres de 2007, avant la première crise. Aujourd'hui le Chili produit 800 000 tonnes de saumon d'élevage pour un chiffre d'affaire de 3.5 milliards dollars.
